Des chercheurs mettent en évidence l’impact de l’introduction de souches productrices de bactériocines sur la composition et la fonctionnalité globales du microbiome.
Le microbiome intestinal humain est un espace complexe, peuplé d’un large éventail de micro-organismes, dont beaucoup ont un impact direct sur notre santé et notre bien-être général.
«Ce lien évident entre le microbiome et la santé a conduit à un besoin urgent de concevoir des outils qui pourraient être utilisés pour façonner de manière prévisible le microbiote intestinal», explique Natalia Ríos Colombo, chercheuse au sein du University College Cork et boursière Marie Skłodowska-Curie.
L’un de ces outils est l’introduction de bactériocines, des peptides antimicrobiens produits par de nombreuses bactéries qui tuent d’autres types de bactéries.
«Les bactériocines sont des modulateurs naturels du microbiome humain, et c’est l’une des raisons pour lesquelles elles suscitent de plus en plus d’intérêt en tant qu’outils potentiels de modification du microbiome», explique Colin Hill, professeur de sécurité alimentaire microbienne à l’institut de microbiologie du University College Cork.
Avec le soutien du projet BIOMA, financé par l’UE, Natalia Ríos Colombo, sous la supervision de Colin Hill, a cherché à mieux comprendre le rôle que jouent les bactériocines dans la composition et la fonctionnalité globales du microbiome intestinal.
L’impact des bactériocines
Pour commencer, Natalia Ríos Colombo a créé des souches de bactéries identiques qui produisent ou non des bactériocines, qu’elle a ensuite ajoutées à des communautés synthétiques stables. «À partir de là, nous nous sommes assis et avons attendu de voir l’impact, s’il y en avait un, et si nous pouvions le prédire», ajoute Colin Hill.
Les chercheurs ont constaté que l’introduction de souches productrices de bactériocines avait effectivement un impact sur la composition globale du microbiome.
Selon Natalia Ríos Colombo, l’effet le plus évident s’est produit sur les microbes sensibles à la bactériocine. Toutefois, elle a également constaté certains effets hors cible, par exemple une bactériocine nouvellement introduite peut tuer la souche bactérienne A, qui produisait déjà une bactériocine différente ciblant la souche bactérienne B.
«Dans ce cas, la bactériocine introduite a entraîné une diminution attendue de la souche A, mais aussi une augmentation de la souche B qui aurait été inattendue si l’on ne connaissait pas la seconde bactériocine», remarque Natalia Ríos Colombo…
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