Le rôle primordial que jouent nos microbiomes intestinaux dans le développement et le traitement du cancer a commencé à devenir évident en 2013. Depuis, les choses ont bien évolué.
La recherche sur le rôle des microbes qui colonisent notre intestin connaît un rapide essor.
Elle porte essentiellement sur la relation entre certaines bactéries et la progression du cancer ainsi que sur l’impact sur le traitement. La dysbiose intestinale, un déséquilibre de la composition du microbiote intestinal, a été associée à la stadification et au pronostic du cancer dans l’intestin et au-delà.
Parallèlement au développement des tumeurs, nous savons désormais que certaines espèces de bactéries intestinales entravent l’efficacité d’un type d’immunothérapie contre le cancer qui utilise des médicaments pour bloquer des protéines appelées points de contrôle, et connu sous le nom de blocage des points de contrôle immunitaires (immune checkpoint blockade ou ICB).
Déterminer la composition microbienne d’un patient au départ, afin d’évaluer sa propension à bénéficier de l’ICB ou de déterminer sa survie globale, semble une option très intéressante.
«Nous voulions valider les “empreintes” du microbiome intestinal associées au cancer qui pourraient faire une réelle différence pour les patients», explique Laurence Zitvogel, qui a coordonné le projet ONCOBIOME.
Hébergé par l’Institut Gustave Roussy en France, le projet ONCOBIOME a pour objectif d’identifier et de caractériser les écosystèmes pertinents pour le cancer, à l’aide de méthodes fiables et robustes.
Calculer le ratio de bactéries bénéfiques et nocives dans notre intestin
Le domaine évolue rapidement. Nous pouvons déjà effectuer des analyses de métagénomique shotgun d’échantillons de selles, ainsi que des tests PCR pour suivre les bactéries bénéfiques ou nocives pour l’hôte.
«Nous pouvons ensuite calculer un ratio entre les deux, le toposcore, pour évaluer le risque de résistance à l’immunothérapie.»
Pour mieux comprendre la façon dont notre microbiome intestinal interagit avec le cancer, l’équipe a examiné les données provenant de plus de 9 000 patients de 10 pays, couvrant 4 types de cancer fréquents, du sein, colorectal, du poumon et le mélanome.
«Nous voulions identifier et valider les signatures du microbiome intestinal (Gut OncoMicrobiome Signatures ou GOMS) spécifiques au cancer associées à son apparition, à son pronostic et à sa réponse au traitement. Et ensuite, intégrer ces GOMS à d’autres caractéristiques oncologiques afin de concevoir des tests permettant d’anticiper l’apparition et la progression du cancer», explique Laurence Zitvogel…
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