Une nouvelle base de données de simulations de dynamique moléculaire permet d’approfondir les connaissances scientifiques relatives aux protéines du virus SARS-CoV-2 (Covid-19).
Des chercheurs de Barcelone, en Espagne, ont mis au point un référentiel libre et gratuit pour les simulations de dynamique moléculaire (DM), baptisé BioExcel-CV19. Soutenue par les projets MDDB et BioExcel-2 et BioExcel-3 financés par l’UE, la base de données permettra de mieux comprendre les subtilités moléculaires de l’infection par le SARS-CoV-2. Ses caractéristiques sont décrites dans un communiqué publié dans «Nucleic Acids Research».
Un énorme volume de données est généré dans le monde entier à partir de simulations de DM qui analysent les mouvements physiques des atomes et des molécules. Toutefois, ces données ne sont généralement pas accessibles à la communauté scientifique. En outre, les efforts visant à rendre les données de DM sûres et réutilisables se sont, jusqu’à présent, appuyés sur des bases de données simples qui n’offrent pas de véritable solution aux utilisateurs de DM actuels, car elles ne fournissent qu’un ensemble limité d’analyses standard sur des trajectoires courtes uniques.
Les scientifiques ont besoin d’une base de données qui permette des analyses flexibles et qui soit capable de gérer des systèmes de grande taille. C’est là qu’intervient BioExcel-CV19…
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