Un portail permet aux scientifiques d’accéder à la collection la plus complète de données sur les agents pathogènes du monde entier.
Une plateforme en ligne a été lancée pour permettre aux chercheurs, aux cliniciens et aux décideurs politiques d’accéder à une vaste collection de données biomoléculaires sur des agents pathogènes. Appelée Pathogens Portal, elle peut considérablement contribuer aux domaines de la biologie des infections et de la surveillance des agents pathogènes. Ce portail, soutenu par les projets RECODID, VEO et BY-COVID, financés par l’UE, s’appuie sur l’infrastructure développée et financée par les projets européens ELIXIR-CONVERGE, EOSC-Life, COMPARE et CORBEL. Il bénéficie également d’un financement de base du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL), en Allemagne, coordinateur du projet BY-COVID et partenaire des projets RECORDID et VEO.
Le Pathogens Portal dispose de données relatives à plus de 200 000 espèces et souches pathogènes. Parmi sa liste d’agents pathogènes figurent ceux que nous connaissons tous, comme le VIH, la grippe, l’hépatite B et le parasite du paludisme Plasmodium falciparum. Le portail présente également des agents moins connus qui se transmettent aux êtres humains, comme le Lassa mammarenavirus, à l’origine de la fièvre hémorragique de Lassa. Toutefois, d’après un article publié sur le portail, le site répertorie non seulement des agents pathogènes qui affectent les humains, mais aussi des centaines d’autres qui affectent les animaux, ce qui en fait un outil utile pour la sécurité alimentaire et la biodiversité.
Le portail comprend des séquences de nucléotides, des données génomiques brutes, des métadonnées d’échantillons et la littérature scientifique pertinente. L’objectif consiste également à ajouter des types de données tels que la séquence et la structure des protéines, ainsi que des données chimiques issues d’autres ressources de données publiques. «La particularité du Pathogens Portal est qu’il rassemble différents types de données, qui sont actuellement dispersées dans de nombreux endroits», observe le docteur Guy Cochrane, chef d’équipe à l’Institut européen de bio-informatique (EBI) de l’EMBL. «Cette nouvelle approche permet aux chercheurs, aux cliniciens et aux organismes de santé publique d’accéder à toutes les données publiques concernant l’agent pathogène qui les intéresse en effectuant une seule recherche rapide. Le portail contient également des outils de découverte intuitifs qui aident les utilisateurs à affiner leurs recherches.»…
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